献给全部的宝可梦迷——。这是两个人的「相遇」和「约定」的故事。20周年纪念作品，就此诞生！精灵宝可梦，简称「宝可梦」。是充满各种各样的谜团和秘密的不可思议的生物。有关它们的生态，还有很多我们不知道的事情。今天，宝可梦训练家们也一如既往地，为了和未曾相见的宝可梦相遇，继续着他们的冒险…。住在真新镇的少年小智，迎来了获得成为宝可梦训练家资格的日子，10岁的生日。心中憧憬着未曾见过的宝可梦，未曾见过的世界，小智前往了可以获得伙伴宝可梦的大木研究所，然而由于睡过头的原因，留给小智的只有一只不喜欢人类的皮卡丘。「你讨厌我吗？但我喜欢你哦！」一开始不相合的两人，渐渐培养了友情。在旅程开始的日子，望着天空中飞过的传说中的宝可梦·凤王的身影，小智与皮卡丘拿着虹色之羽立下誓言。「总有一天，会一起和它再见面！」就这样，为了成为世界第一的宝可梦大师，开始旅行的小智与皮卡丘，在途中遇到了训练家麻琴（マコト）与爽志（ソウジ），并听到了有关凤王的传说。「被虹色之羽引导，见到凤王的人，会成为虹之勇者。」不知何时藏在小智的影子中的，迷之宝可梦·玛夏多（マーシャドー）出现，并带领着小智一行人前往凤王居住的テンセイ山，不过此时强敌现身了。两人最终能够见到凤王吗!?为了实现旅行开始那一天立下的誓言，现在，两个人最终成为「真正的伙伴」的冒险开始了！